　　幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。
　　在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。
　　这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。
　　某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，
　　理树则开始了寻找成员的任务。
　　在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。
　　和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。
　　经历了许多快乐的事情，
　　同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。
　　最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。
　　——然而，这并不是结束。
　　和来谷唯湖之间的故事。
　　理树与铃的故事。
　　以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。
　　Little Busters真正的物语，自此开始——。

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